Il Museo possiede altre opere d’arte, dai dipinti su tavola alle sculture, al patrimonio di oggetti che facevano parte del Tesoro della Collegiata, la cui ricchezza è testimoniata nei documenti quattrocenteschi, ma che fu saccheggiato nel 1513 da mercenari svizzeri e ulteriormente danneggiato da un incendio che distrusse nel 1780 la sagrestia.

Le opere sono esposte dal maggio 2013 in tre sale dell'antica Canonica del complesso, la cui costruzione risale all'epoca del cardinale Branda.

Tra i dipinti spiccano le opere di due fiorentini: la grande
Crocifissione a fondo d’oro di Neri di Bicci, giunta a Castiglione nel 1928 e la piccola Annunciazione di Apollonio di Giovanni, ritenuta dalla critica l’opera migliore di questo pittore.

Gli oggetti più significativi sono la
croce in cristallo di rocca con parti in smalto, argento dorato, rame dorato, i grandi manoscritti di canto ambrosiano, la cassettina portareliquie quattrocentesca in avorio e legno ornata da coppie di figure e porte di città e il calice in argento dorato, datato, anche in base alla moda degli abiti visibili negli smalti, agli anni Ottanta del Quattrocento, dopo la morte di Branda.

Altre opere degne di nota sono il sepolcro del cardinale Branda, ricchissimo di sculture e conservato in Collegiata, e il raffinato fonte battesimale ornato da putti. Spicca inoltre, in fondo alla navata centrale della chiesa, il
candeliere in bronzo, opera tedesca o fiamminga.

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